Julian Brace realiseerde zich al snel dat durfkapitalisten niet veel zouden uitgeven aan twee oprichters onder de dertig, die een wat hij omschreef als een ‘tegendraadse’ benadering hanteerden bij het gebruik van AI om nieuwe medicijnen te ontwerpen.
Dus maakte hij zijn eigen weddenschap.
Na vier jaar aan AI-projecten bij Amazon te hebben gewerkt, verliet Brace de technologiegigant om zijn visie zelf te financieren. Met behulp van persoonlijke spaargelden en online handelsopbrengsten investeerde hij er een bedrag van zes cijfers in Wortelstokonderzoekeen in Seattle gevestigde startup die op bestelling gemaakte medicijnachtige kleine moleculen ontwikkelt.
Na de lancering vorig jaar is deze startup, die uit vijf medewerkers bestaat, onlangs in het geheim opgedoken. Naast CEO Brace, die een diploma wiskunde, informatica en economie heeft behaald aan de Universiteit van Albany, bestaat het leiderschap van Rhizome uit:
- Yiwen Wangmede-oprichter en hoofdwetenschapper, die een doctoraat in de scheikunde heeft behaald aan de Carnegie Mellon University.
- Grigori Sinenkahoofdtechnoloog, gepromoveerd in de natuurkunde en werkzaam bij het Europese onderzoekscentrum en Johnson & Johnson.
- Jan Trotsvoetvoormalig directeur van de afdeling Medicinale Chemie van het Amerikaanse Boehringer Ingelheim, fungeert als wetenschappelijk adviseur.
Verschillende benaderingen van medicijnontdekking
In plaats van te werken met bestaande hulpmiddelen voor het bouwen van moleculen, heeft Rhizome zijn eigen aangepaste basismodel gebouwd, dat het een naam geeft r1. Deze technologie is een ‘grafisch neuraal netwerk’ en is getraind op meer dan 800 miljoen kleine medicijnachtige moleculen.
Deze aanpak verschilt van het populaire RoseTTAFold-model van het Protein Design Institute van de Universiteit van Washington, dat in wezen gebaseerd is op de aminozuren waaruit eiwitten bestaan.
Het r1-model richt zich op de atomen en bindingen waaruit moleculen bestaan en hun topografie. Dit is waar het idee van grafieken om de hoek komt kijken: atomen zijn analoog aan de punten in een grafiek, terwijl bindingen vergelijkbaar zijn met de lijnen die ze verbinden.
Het team streeft ernaar om op fragmenten gebaseerde geneesmiddelen te ontdekken, waarbij kleine moleculen worden gecreëerd die zijn geoptimaliseerd om zich te binden aan door de klant gedefinieerde doelen. Zij zullen ervoor zorgen dat elk kandidaat-medicijn efficiënt in het laboratorium kan worden gesynthetiseerd en geschikt is voor patentbescherming.
De wortelstokken van vorige week zijn losgelaten ADAMeen open source geautomatiseerde AI-tool die natuurlijke taalinstructies gebruikt om de binding tussen biologische moleculen te simuleren. Hij is ook van plan MolSim te delen, een op fysica gebaseerde simulatie die gebruikmaakt van geavanceerde vrije-energieberekeningen die voorspellen hoe sterk een klein molecuul zich aan zijn doelwit zal binden. MolSim zal niet open source zijn.
Visie voor de hub van Seattle
Rhizome is onlangs een partnerschap aangegaan met een wet lab dat de prestaties in de praktijk van de potentiële medicijnen die het ontwerpt, kan valideren, en onderzoekt klantrelaties.
Brace werkt Funderingeen in Seattle gevestigde startup-gemeenschap, gelanceerd door ondernemers en investeerders Aviel Ginzburg. De andere medewerkers van Rhizome werken op afstand, maar het plan is om die mensen naar Washington te halen.
“Ik wil van Seattle echt een centrum maken voor de ontdekking van kleine moleculen,” zei Brace.
Hij wees op het Allen Institute, het Institute for Protein Design en andere organisaties in de omgeving van Seattle als belangrijke spelers. De regio is ook de thuisbasis van een aantal startups die verband houden met het ontwerpen van geneesmiddelen Pauling.AI, Biosynthese En Xaira-therapiegevestigd in San Francisco en heeft een laboratorium in Seattle.
Brace zei dat hij enthousiast was over de kans om aan een project te werken dat een betekenisvolle impact op de mensheid zou kunnen hebben, en dat hij er geen spijt van had dat hij zijn eigen geld hieraan had uitgegeven. Hij is over het algemeen optimistisch over het gebruik van AI om moleculen te ontwerpen, of het nu gaat om de gezondheidszorg of op gebieden als materiaalkunde en geavanceerde productie.
“Dit is de meest interessante probleemruimte”, zei Brace.
